eWriterilla ylläpidettävän sivuston osastohierarkia voi periaatteessa olla kuinka syvä hyvänsä. Toisin sanoen osastoihin voi luoda alaosastoja ja niihin edelleen alaosastoja rajattomasti.
eWriterin hakemistorakenne muodostaa verkkopalvelun navigointirakenteen. Hakemistorakenteen hallintatyökalu muistuttaa Windowsin Resurssinhallintaa. Hiiren oikealla painikkeella saadaan toimintovalikko esiin, josta voidaan helposti muokata osaston tietoja, luoda uusi alaosasto, poistaa osasto, muuttaa osastojen järjestystä ja siirtää osasto ja sen sisältämät tiedotteet kokonaan toiseen paikkaan.
